Подобным же образом югославская армия и сербские полувоенные образования действовали в соседней Боснии и Герцеговине. Поначалу, видя успехи сербов, хорваты и мусульмане Боснии сплотились, но в 1993 г. стороны рассорились и стали бороться друг против друга. Боснийские хорваты, при молчаливой поддержке Загреба, осуществили несколько страшных актов насилия в Боснии, включая разрушение старого моста в Мостаре. Конфликт был погашен после вмешательства США, способствовавших становлению мусульманско-хорватской федерации в 1994 г., когда нир в ужасе наблюдал за сербской осадой Сараево.
В то время как в Боснии и Герцеговине разворачивались эти мрачные события, хорватское правительство спокойно договаривалось о поставках оружия из-за границы. 1 мая 1995 г. хорватская армия и полиция вошли в захваченную западную Славонию, к востоку от Загреба, и за несколько дней установили контроль над областью. Сербы Краины в ответ обстреляли Загреб — во время нападения семь человек погибли и 130 были ранены. Сзакреплением хорватских вооруженных сил в Западной Славонии около 15000 сербов бежали из региона, несмотря на заверения хорватского правительства, что им нечего опасаться.
Молчание Белграда в течение всей кампании свидетельствовало о том, что сербы Краины потеряли поддержку своих покровителей. Это подстегнуло хорватов двигаться дальше. 4 августа вооруженные силы начали атаку на столицу сербских повстанцев город Книн. Сербская армия отступила в Северную Боснию. Вместе с ней бежали 150 000 жителей Краины, чьи предки жили на этой земле уже много столетий. Военная операция заняла несколько дней, но за ней последовали месяцы террора, повсеместные грабежи и поджоги сербских деревень.
Дейтонскими мирными соглашениями, подписанными в Париже в декабре 1995 г., признавались традиционные границы Хорватии и предусматривалось возвращение Восточной Славонии. Переходный период прошел относительно гладко, но два народа до сих пор смотрят друг на друга с подозрением и враждебностью.