Под давлением Европейского союза Хорватия объявила трехмесячный мораторий на государственную независимость, однако в Крайне, Баранье и Славонии завязалась тяжелая борьба. Она стала началом событий, которые хорваты называют Отечественной войной. Югославская народная армия, состоявшая в большинстве из сербов, вмешалась в действия сербских нерегулярных войск под предлогом прекращения этнического насилия. Хорватское правительство отдало приказ о закрытии федеральных военных баз в Республике Хорватия, и тогда югославские военно-морские силы блокировали Адриатическое побережье и осадили стратегически важный город Вуковар на Дунае. В течение лета 1991 г. четверть Хорватии была захвачена сербскими ополченцами и возглавляемой сербами Югославской народной армией.
В конце 1991 г. федеральная армия и черногорское ополчение выдвинулись против Дубровника. Президентский дворец в Загребе подвергся бомбардировкам югославской авиации с очевидными целями убийства президента Туджмана. Когда трехмесячный мораторий закончился, Хорватия объявила о полной независимости. Вскоре после этого пал Вуковар, и югославская армия вошла в город. За этим последовали события одной из самых кровавых драм в истории всех югославских войн. За шесть месяцев войны в Хорватии погибли 10 000 человек, сотни тысяч вынуждены были бежать, десятки тысяч домов были разрушены.
Вмешательство ООН
3 января 1992 г. наступило поддержанное ООН перемирие. Федеральная армия покинула базы на территории Хорватии, и напряжение несколько ослабло. В то же самое время Европейский союз, уступив давлению Германии, признал независимое государство Хорватия. За этим последовало признание США, и в мае 1992 г. Хорватия присоединилась к ООН.
План ООН по мирному урегулированию конфликта в Крайне предполагал разоружение местных сербских военизированных формирований, репатриацию беженцев и возвращение области Хорватии. Вместо этого существующая ситуация была просто заморожена, а дельного решения так и не было предложено. В январе 1993 г. хорватская армия внезапно начала наступление в Южную Краину, выдавив сербов из нескольких областей и вернув себе стратегически важные пункты. Сербы Краины поклялись никогда не подчиняться власти Загреба и в июне 1993 г. подавляющим большинством проголосовали за присоединение к боснийским сербам (и в конечном счете — за создание Великой Сербии). После этнической чистки в Крайне осталось около 900 хорватов из 44 000 человек былого населения. В начале 2004 г. после объявленного всестороннего прекращения огня насилие в регионе стало утихать. Были учреждены демилитаризованные зоны разделения между сторонами.